Daily Archives: October 21, 2022

Roy Kid​ 中国科学技术大学 物理化学硕士在读 在做高分子体系中添加大直径填料的时候遇到了一个问题：相同的体系，加入填料后的模拟速度是不加入的五分之一。查看output的时候发现，neigh一项占去了总时间的一半以上。这就很诡异，因为正常情况应该是Pair占到七成左右比较合理。 想要解决问题，就需要从lammps计算原子对之间的势的算法说起。 首先，我要计算一个原子受到那些原子的作用，首先得去寻找周围的原子。这样，为了避免每个timestep都要去搜索，lammps先拉一个叫neighbor list 的表，这个表里储存了所有周遭原子的信息。这个表的范围是多大呢，(cutoff + […]