VASP不同于Gaussian，可以结构优化与频率计算一起进行（opt+freq）,VASP中结构优化与频率计算是分开的。需先优化好结构后再进行频率计算。同样的，过渡态也是如此，需要将过渡态结构的CONTCAR复制作为新的POSCAR进行计算，以验证结构的稳定性和过渡态结构的准确性。 然而，在VASP计算中，常常发现优化好的结构会存在虚频，尤其是体系中除固体外，还有气体分子。对此，总结了一些相关的处理办法，具体还请依据个人体系进行调整。 一、虚频较大，应该消除 （1）调整结构 若虚频波数达到几百，建议还是重新调整结构进行计算。除依据体系的特殊性和反应路径外，也可利用脚本消除不想要的虚频以实现消虚频工作。参考网上www.bigbrosci.com 给的脚本，根据虚频的dx、dy、dz微调结构重新计算。在此提供参考，后续可根据自己的需要以完善脚本。 import numpy as np […]
Daily Archives: December 24, 2024
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一、全电子计算 全电子计算（All-Electron Calculation）是量子化学和凝聚态物理中的一种计算方法，主要用于精确模拟原子和分子的电子结构。在全电子计算中，所有的电子，包括核心电子和价电子，都被显式地考虑在内。全电子计算涉及计算材料中所有电子的行为，包括核心电子和价电子。这种方法不使用赝势，而是直接解决所有电子的薛定谔方程。 全电子方法能提供非常精确的结果，因为它考虑了所有电子间的相互作用和电子与原子核的相互作用。 主要特点 （1）精确性: 全电子计算可以提供非常高的精度，因为它不需要引入赝势的近似。 （2）计算需求: 由于包括了所有电子的交互作用，全电子计算通常需要更多的计算资源和时间。 （3）应用领域： […]
写在前面： 目前集群的利用VASP版本为6.3.2，支持并行计算，具体可利用sifs命令可查询。其中带有VTST版本的是由Henkelman Group 开发的使用 VASP 代码计算过渡态的脚本和模块，有利于过渡态的计算工作。 利用VASP计算过渡态的方法有NEB (nudged elastic band)、CI-NEB […]