《量子力学和计算材料科学的交互式教程》 简介 OSSCAR是一个包含量子力学和计算材料科学教程的开源项目，我们基于该项目使用apptainer搭建了量子力学与计算材料科学交互式学习平台，该平台为Jupyter notebook格式的交互式网络应用程序，可以通过交互式教程进行学习。 中文参考资料: http://phycai.sjtu.edu.cn/pub/webphy/content.html 使用方法: 例: lym@node3:~$ apptainer […]
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使用Apptainer创建基于Jupyter的数据分析及可视化平台 本教程将带您一步步学习如何利用Apptainer (Singularity)容器和Miniconda3,构建一个便于跨环境部署和分享的数据分析与可视化包。我们将重点介绍容器的设置,以及在容器中运行Jupyter Lab实例的方法。通过本教程,您将快速掌握如何搭建数据分析和可视化环境。 1. 准备工作 在开始之前，请确保您已经了解了singularity的基本使用方法 2. 编写Singularity文件 首先，我们需要创建一个Singularity文件来定义我们的容器。在本例中，我们将使用一个基于Miniconda3的Singularity文件。这个文件将定义容器的环境以及如何运行其中的应用程序。请将以下内容保存为miniconda_mda.def文件。 […]
1. VaReCoF简介 该程序实现了可变反应坐标过渡态理论（VRCTST）和任意无势垒反应的刚体轨迹模拟。VaReCoF可通过与 MOLPRO 和 GAUSSIAN 电子结构代码的接口直接进行从头算评估,计算得到热高压复合速率常数和微正则E/J分辨的反应通量。 VaReCoF程序的显著特点: ①每个片段的任意枢轴点数量 ②对枢点位置和距离进行方便的采样 […]
1. 介绍 Arrhenius经验式 Arrhenius 经验式表示反应速率常数与温度的关系，由Arrhenius提出。 表达式 k = A•exp(-E/(RT)) 此为arrhenius经验式基本表达式，是教科书中最常见的写法，式中k为温度T时的反应速率常数，A为指前因子，E为（表观）活化能，T为热力学温度（单位 […]
结构化学相关书目推荐 此前第四届科研茶话会中粗略地介绍了分子点群与分子对称数的关系，详细说明可学习： 《基础结构化学（第5版）》（北京大学出版社） 其他相关书目推荐： 《有机化学（第三版）》高占先 主编（高等教育出版社） 《物理化学（第五版）》上册 傅献彩 主编（高等教育出版社） 本册书详细地介绍了化学热力学相关知识点，公式推导等内容，第七章为统计热力学知识，关于配分函数的介绍在此部分，若需了解动力学相关知识点，可学习该教材下册 […]
1.文件上传 课题组网站采用easy-media-download插件来实现内容的下载分享功能，这里简要概述其使用方法： easy-media-download：https://noorsplugin.com/easy-media-download-plugin-for-wordpress/ 1.1具体操作 在帖子编辑页面，依次点击add media按钮–>upload media按钮，即可将本地文件拖拽上传至服务器。 2.插入下载按钮至正文 2.1.复制目标文件下载链接 文件上传成功后，点击目标文件，在右侧详情栏点击copy […]
写在前面 本贴旨在集纳每一期茶话会上，邀请到的专家们分享的汇报摘要、PPT及其他电子资料。 以期: 确保科研信息在团队内部的畅通无阻地流转 继往开来，触类旁通，激发灵感 汇总帖编辑说明: http://192.168.33.4:88/2024/01/22/easy-media-download/, http://192.168.33.4:88/2022/09/26/how_to_use_wp/ 腾讯文档茶话会日程安排: https://docs.qq.com/sheet/DVkZZVm5wUkNLdElS […]
1. CP2k简介 CP2K是一个开源的计算化学和物理软件包，主要用于原子和分子模拟。它提供了广泛的功能，包括量子力学计算、分子动力学模拟以及混合量子力学/分子力学（QM/MM）方法。CP2K特别适用于大型生物分子和复杂材料系统的模拟，因为它采用了高效的高斯和平面波（GAPW）方法来处理电子结构。 CP2K的主要特点和功能包括： 量子力学计算：CP2K可以进行广泛的量子力学计算，包括密度泛函理论（DFT）和哈特里-福克（Hartree-Fock）方法。 高效算法：CP2K采用了多种高效算法来加速计算，例如线性缩放方法和混合高斯和平面波方法。 分子动力学模拟：CP2K支持各种分子动力学模拟，包括经典MD和量子MD。 QM/MM模拟：CP2K能够执行混合量子力学/分子力学模拟，这对于研究生物大分子系统特别有用。 灵活性：CP2K的输入文件格式非常灵活，允许用户精确控制计算的各个方面。 并行计算：CP2K为高性能计算环境设计，支持多种并行化策略。 […]