基于OneDMin程序计算L-J参数

一、OneDMin介绍

OneDMin是一款利用一维最小化方法，通过详细的分子内势能计算L-J参数的代码。有Stephen Klippsenstein教授团队开发。
官方网址：https://tcg.cse.anl.gov/papr/codes/onedmin.html
文末已附程序安装包。

二、OneDMin安装

OneDMin的安装与使用需要基于pixi环境。安装该程序之前需要先安装pixi环境，下面将一次介绍pixi环境和OneDMin的安装过程。

1.pixi环境的安装

登录服务器

下载并安装最新版的pixi
curl -fsSL https://pixi.sh/install.sh | bash

添加环境变量，即将pixi添加到PATH中
echo ‘export PATH="$HOME/.pixi/bin:$PATH"’ >> ~/.bashrc # Bash
source ~/.bashrc

验证安装
pixi –version
（输出版本号即为安装成功，例如pixi 0.48.2）

初始化
pixi init my_project
此时，在个人目录下会出现‘my-project’文件夹，使用cd命令进入该目录

上传OneDMin安装包

2.OneDMin的安装

激活pixi环境
pixi shell

在pixi环境中安装OneDMin
./build.sh

三、OneDMin使用

这里以调用Gaussian为例，介绍如何使用OneDMin。
1.准备工作
（1）在tmp目录下创建一个名为自己用户名的文件夹，例如 zzy、lyra等
（2）cd进入/home/$USER/my-project/OneDMin-master/examples/ch4_he/gaussian目录下
例如 cd /home/zzy/my-project/OneDMin-master/examples/ch4_he/gaussian
该目录下存有所需要的相关输入文件
（3）修改文件权限
将input.dat、qc.inp、qc.x、bath.xyz、target.xyz文件全部改为可执行文件
（4）激活pixi环境：pixi shell
！！！一定要在存有输入文件的目录下激活pixi！！！
（5）设置环境变量
a. 使用 ‘ echo $PATH ’命令，查看环境变量中是否有当前路径
如有，使用 echo ‘export PATH=$PATH’ >> ~/.bashrc
如没有，使用 echo ‘export PATH=$PATH:执行路径’ >> ~/.bashrc

以上两条命令都是将执行路径写入环境变量并写入~/.bashrc文件中。

b.将Gaussian可执行目录添加到环境变量中
使用echo ‘export PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR’ >> ~/.bashrc命令
以及echo ‘export GAUSS_EXEDIR=/mnt/softs/tests/g16’ >> ~/.bashrc

c.重启 ~/.bashrc
source ~/.bashrc

！！！除了使用命令将环境变量写入~/.bashrc文件之外，可以用直接对这个文件进行编辑，把环境变量手动输入进去，设置好只有一定要使用source ~/.bashrc命令重启这个文件！

2.启用OneDMin
onedmin-dd-gaussian.x < input.dat > output.dat &

！！！在安装包中自带一个ch4_he样例，可用于测试安装、运行是否成功。样例位于OneDMin-master\examples\ch4_he\gaussian中，如果能正常输出output.dat、qc.out、以及lj.out三个输出文件，即运行正常。

四、输入、输出文件介绍

1.输入文件
（1）.xyz文件
需要准备两个.xyz文件：
target.xyz：这里写入目标物质的坐标，如甲烷等
bath.xyz：这里写入载气的坐标，如He、Ar等
（2）input.dat
153214316 #（Random number seed）随机种子数
3 #（Number of orientation samples）方向样本数
target.xyz #（Geometry information for the target）坐标文件
bath.xyz #（Geometry information for the bath）坐标文件
2 5 #（Minimum and maximum allowable values of the A-B center of mass distance）质心距离的最大值和最小值
1 #（Zero of energy (set to the energy of A+B) in Hartrees） A+B的能量
（3）qc.inp
这是一个Gaussian输入文件,根据两个.xyz文件自动生成。
如果计算中包含自由基物质，那么该Gaussian输入文件会错误的输入自旋多重态，导致计算出错。

2.输出文件
（1）output.dat
这里输出详细的计算过程
（2）qc.out
对应的Gaussian输出文件。
（3）lj.out
摘出最后的sigma和epsilon结果。

！建议每次计算完成后，将相应的输出文件以及.chk和.FChk文件删除，以免扰乱后续计算输出结果。
！！！OneDMin安装包：
http://192.168.33.4:88/wp-content/uploads/2025/07/OneDMin-master.zip
欢迎大家使用交流讨论！