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Master Equation System Solver (MESS)使用方法

1 激活服务器内MESS环境变量

MESS安装在mnt/softs目录下,因此任意登陆节点都可以调用,在使用之前需要激活该软件的环境变量。具体操作如下:成功登录服务器任一开放的节点后,使用以下两个命令激活MESS程序的环境变量:

eval "$(/mnt/softs/mess/mess2.9.0/miniconda3/bin/conda shell.bash hook)"
conda activate mess-env

第一条命令旨在激活conda3,第二条命令是激活conda3里面的MESS,激活成功后会出现“mess-env”符号。每次输入完命令需要键入enter,为了方便大家使用,可以直接分别复制这两条命令到服务器内。

2 执行计算任务

MESS计算速率常数时间很快,一般不超过两分钟,有的反应只需要几十秒就可以完成计算,提交完作业后刷新两下目录就会出现out文件。

在激活环境变量后,先使用cd命令切换到自己的输入文件目录,然后使用mess命令或者abstraction命令完成计算。在计算中简单的提取反应可以之际使用abstraction xxx.inp命令执行计算,其他的完整的反应路径要使用mess xxx.inp执行计算。

下面以测试的提取反应为例:

注:

mess的输入文件必须是 .inp后缀;

mess对于输入文件的输入比较严格,经常因为输入文件的格式报错,提交作业之前一定要检查是否缺失“end”或者关键词拼写错误;

计算完成后会刷新出log文件,如果计算中报错了,可以查看log文件查找报错原因,规范的输入文件在mess manual里面都有说明。

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