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科研茶话会

科研茶话会汇总帖

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本贴旨在集纳每一期茶话会上，邀请到的专家们分享的汇报摘要、PPT及其他电子资料。
以期:

  • 确保科研信息在团队内部的畅通无阻地流转
  • 继往开来，触类旁通，激发灵感
汇总帖编辑说明: http://192.168.33.4:88/2024/01/22/easy-media-download/, http://192.168.33.4:88/2022/09/26/how_to_use_wp/
腾讯文档茶话会日程安排: https://docs.qq.com/sheet/DVkZZVm5wUkNLdElS

2023/12/29

本期主席: 许凯

特邀汇报:

  • 基于密度函理论进行催化研究的方法和思路分享，李蒙蒙

    本主题介绍了运用VASP研究ZnGa2O4在合成气转化过程中的催化机理及作用，旨在于大家分享研究思路及现阶段工作进展，若有不妥之处，还请大家指正，真诚希望与各位沟通学习。
补充信息：
https://www.vasp.at/

  • 适用于课题组集群的Linux操作技巧，如何提高工作效率和降低重复劳动，卢奕名

    本主题围绕grep/cat/tail/head等Linux命令，展开了应用linux系统工具提取化学计算数据、辅助作图及数据分析的探讨，能给高效进行化学计算任务提供参考。
补充信息：
Linux常见命令: http://www.runoob.com/w3cnote/linux-common-command-2.html

2024/01/06

本期主席: 李蒙蒙

特邀汇报:

  • 论文思路分享，molpro简单实用说明，许凯

    本次主题包括论文写作思路分享与molpro使用方法及注意事项的简单介绍
补充信息：
molpro报错案例后续大家多多分享，如遇到molpro相关问题，请访问训练好的molpro GPT寻求帮助
molpro GPT：https://chat.openai.com/g/g-ZXGK1Y2wH-molpro-2019-assistant

  • MPI与OpenMP相关知识分享，罗宏鑫

    本主题围绕MPI是什么、MPI的实现、MPI与OpenMP的结合使用等进行介绍。
补充信息：
the difference between OpenMP and OpenMPI：https://www.educative.io/answers/what-is-the-difference-between-openmp-and-openmpi

2024/01/13

本期主席: 张枝瑶

特邀汇报:

  • CHEMKIN使用分享，王凡 
    本课题围绕CHEMKIN的初步入门及简单氢气燃烧案例分享，从机理文件、操作模型、模拟分析等几个部分讲解了CHEMKIN的具体操作，附件附有演示视频。
补充信息：
氢气层流火焰燃烧案例
http://192.168.33.4:88/wp-content/uploads/2024/01/f8c9f769dbdabcf304c73506420e90dd.mp4
  • Gaussian使用说明及并行效率测试分享，陈英杰 
    本主题对Gaussian软件的功能和基本的输入文件做了一个简要的介绍，并分享了集群中Gaussian的使用方法。另外，在不同节点上进行了并行效率测试以提高集群服务器的使用效率，附件中有测试结果。
补充信息：
Gaussian 16 Users Reference: https://gaussian.com/man/
Gaussian 并行效率测试：http://bbs.keinsci.com/thread-4841-1-1.html

2024/01/20

本期主席: 张磊

特邀汇报:

  • 分子点群与对称数介绍，张枝瑶

    本主题围绕分子点群与分子对称数相关知识点展开，对分子点群与对称数由来和判别方式进行初步介绍。
补充信息：
结构化学相关书目推荐：http://192.168.33.4:88/2024/01/22/1001/

  • Mess使用说明，杨婷

    本主题围绕mess软件概述、输入文件、使用方法及注意事项做了相关分享，如有错误之处，请大家及时指出，后续会及时修正和完善。
补充信息：
MESS使用方法相关链接：http://192.168.33.4:88/2022/09/27/__trashed/


2024/01/26

本期主席: 卢奕名

特邀汇报:

  • 机器学习及其相关应用，张磊

    本汇报围绕机器学习的基本概念、发展历史、分类及数学模型等多个层面介绍了机器学习的入门要点，希望能对后来者有一定的启发和帮助。
补充信息：
机器学习相关书目推荐：周志华《机器学习》
机器学习相关资料链接：https://blog.csdn.net/weixin_42301220/article/details/123940527?utm_source=miniapp_weixin

  • 高性能计算硬件基础——双路主板构造及功能特点，罗宏鑫

    本主题以集群8、9号节点的H11DSi主板为例，介绍了主板的基本构造以及相应的构件功能，同时介绍了如何进行主板的BIOS更新。
补充信息：
主板相关知识介绍：https://youtu.be/k_sX2QRMUoo?si=irmtZQ5W_cbMjQgu

2024/02/24

本期主席: 杨婷

特邀汇报:

  • 从头算分子动力学（AIMD）与 Markdown 使用技巧探索，卢奕名

    本汇报介绍了AIMD的适用范围，及几款支持AIMD计算的工具软件，以期为有需要的成员提供概括性的参考。汇报第二部分包含了对Markdown格式的介绍，希望对大家的文档归档工作有所帮助。
补充信息：
CP2K官网：https://www.cp2k.org/
MarkDown getting started：https://www.markdownguide.org/getting-started/

  • VASP计算和使用分享，李蒙蒙

    本汇报介绍了VASP计算前期输入文件准备和后期输出结果分析，着重介绍了计算过程中计算效率提升和收敛性分析方法。本人对VASP的使用仍在学习中，若有不足之处，欢迎与大家沟通学习！
补充信息：
VASP官方网站：https://www.vasp.at/
VASPKIT官方网站：https://vaspkit.com/

2024/03/02

本期主席: 卢奕名

SpecialEvent: Pillow Talk

  • 大家围绕以下主题展开了讨论： 
    “我理想的职业/生活状态，以及为了实现这一理想，合格的成年人需要培养哪些人格特质或能力”。
"The Ideal Career/Lifestyle and the Essential Personality Traits or Skills an Accomplished Adult Should Cultivate to Realize This Vision".

2024/03/09

本期主席: 李蒙蒙

特邀汇报:

  • slurm使用简介，罗宏鑫

    本汇报简要介绍了slurm的基本架构、功能以及slurm作业脚本的相关内容，希望能帮助到大家对于slurm的了解。
补充信息：
slurm官网：https://slurm.schedmd.com/

  • 硝基甲苯热解的实验和动力学模型研究，许凯

    本主题以硝基甲苯为例，介绍了活塞流模型，并讲解了以此为基础模型结合同步辐射真空紫外光电离的流动管热解实验。
有关更多同步加速器 VUV 光电离质谱法探测燃烧化学：
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1540748912003896

2024/03/16

本期主席: 许凯

特邀汇报:

  • MESS软件使用补充说明及困惑探讨，杨婷 
    本汇报分为MESS使用补充说明和困惑探讨两部分，第一部分首先介绍了自由度的概念、分类及表示参数，然后介绍了阻尼转子处理过程mess输入文件的修改；第二部分对于速率常数计算结果及势能面提出了相关问题。


  • 化学反应动力学理论介绍， 张枝瑶 
    介绍关于化学反应动力学相关理论的发展历程

2024/03/23

本期主席: 罗宏鑫

特邀汇报:

  • VaReCoF的理论基础及其使用说明，陈英杰

    简要介绍了可变反应坐标过渡态理论（VRC-TST）和VaReCoF软件的容器化安装过程和使用方法。

  • 大家围绕以下主题展开了讨论：

    “你对自己满意的状态是什么样的”。
"What is the state in which you are satisfied with yourself?".

2024/03/30

本期主席: 杨婷

特邀汇报:

  • 需求就是最大生产力，克服编程恐惧症 ，李蒙蒙

    以编程小白、无写代码经验的视角，与大家分享因需求及代码带来的便利，学习利用AI完成代码编写、代码逻辑学习，实现自己需求的过程。鼓励大家在传统工作方式基础上，借助编程实现高效工作。

  • 一站式Python数据处理与可视化，卢奕名

    通过实践演示，展示如何制作并使用基于Apptainer的python平台，使用matplotlib将复杂数据转换为直观图表，掌握将复杂信息简洁呈现的技巧。


2024/04/13

本期主席: 卢奕名

特邀汇报:

  • Basic Principles of Molecular Dynamics and Introduction to LAMMPS，罗宏鑫

    介绍了分子动力学的基本原理以及LAMMPS软件的基本应用信息

  • 大家围绕以下主题展开了讨论：

    “我‘奇葩’的学习习惯分享”。
"My 'Peculiar' Learning Habits".

2024/04/20

本期主席: 许凯

特邀汇报:

  • Leveraging GitHub to Optimize Personal Workflows and Boost Creativity (2 cases)，卢奕名

    本次汇报介绍了如何将Github上的优质资源整合至个人科学研究及生活中的方法。汇报中带成员上手了iodata这一辅助生成各类量化软件输入文件的python包的使用及安装、以及NextCloud个人网盘的部署案例，希望给大家日后的学习及生活提供参考。
补充信息：
iodata 项目：https://github.com/theochem/iodata
nextcloud 项目：https://github.com/nextcloud/docker

  • Origin科研作图技巧, 王凡

    Origin科研作图技巧

2024/04/27

本期主席: 陈英杰

特邀汇报:

  • 低压流动管实验和数据处理 ，许凯

    1. 简单阐述低压流动管实验原理，着重讲解如何实现可调谐光子能量
2. 分享实验数据定性处理过程

  • 反应级数介绍，张枝瑶

    反应级数，化学反应速率，化学反应速率方程，反应速率常数及其单位，简单基元反应的介绍

2024/05/07

本期主席: 李蒙蒙

特邀汇报:

  • scikit-learn 使用教程 ，张磊

    本汇报内容包含机器学习Python库——scikit-learn的安装和使用方法，主要分享了以grid serach这一方法为代表的超参调节经验。

  • 集群健康监测任务介绍，罗宏鑫

    介绍了包括系统日志监控和报告、缓存磁盘使用情况检查、课题组关键基础设施检查、计算节点意外宕机事故排查、集群散热情况监控等五项集群健康监测任务。具体任务执行指南已上传至集群健康监测专贴。

2024/05/11

本期主席: 许凯

特邀汇报:

  • 多相催化中过渡态计算方法介绍 ，李蒙蒙

    本汇报旨在介绍多相催化的机理研究中不同过渡态计算方法的计算原理、优缺点、适用范围和具体操作等信息。

  • 基于 Chain Proxy 的网络问题解决案例，卢奕名

    汇报旨在讲解链式代理的必要性及clash verge中的配置文件修改方法，未涉及落地节点的购买及中转服务搭建过程。如对自行搭建有兴趣，可参考vps 搭建x-ui服务相关教程。相关参考文件见zip附件。

2024/05/18

本期主席: 罗宏鑫

特邀汇报:

  • Python环境管理:Conda与Mamba介绍 ，卢奕名

    Conda是课题组安装一些开源软件时非常重要的一个基础工具，MESS\CatMAP\Jupyter\MD数据分析套件\...等均使用该工具管理。受茶话会时间及个人能力限制，未能覆盖许多功能，有需求的大家可参考以下链接实践。
中文参考：https://blog.csdn.net/m0_61164319/article/details/134017248

  • JSR耦合GC-MS实验介绍，杨婷

    本次汇报内容为JSR（Jet-Stirred Reactor）耦合GC-MS（Gas Chromatography-Mass Spectrometry）实验介绍，介绍内容分为JSR耦合GC-MS实验流程及涉及到的装置、气相色谱仪（GC）和质谱仪（MS）的工作原理等相关内容。

2024/05/25

本期主席: 卢奕名

特邀汇报:

  • CATMAP编译安装及简单使用，李蒙蒙 
    CATMAP是一款求解催化微动力学的软件包，旨在标准化和自动化将“描述符空间”转换为多相催化反应速率的过程。本汇报旨在分享CatMAP的编译安装过程及使用的简单介绍。后续将根据使用经验对使用手册进行完善。
补充信息：
http://192.168.33.4:88/2024/05/15/catmap的编译及安装/
  • 同步辐射真空紫外光电离质谱数据处理通用方法（一），许凯 
    实操处理数据过程，从卡峰到质量定标以及对比电离能。讲解同步辐射光源原理，同时阐述数据组成以及其在整个实验中占据的作用。
补充信息：质量定标小程序、数据处理表格

2024/06/01

本期主席: 李蒙蒙

特邀汇报:

  • How to Set "Wall" in LAMMPS ，罗宏鑫

    本次汇报介绍了lammps中的fix wall相关命令，fix wall在lammps中是一种限制原子运动的命令，可以有效防止原子逃逸出盒子以及维持模拟的稳定性和准确性。
fix wall命令具体用法参考以下链接内容：https://docs.lammps.org/Howto_walls.html

  • 过氧化甲乙酮的热分解反应机理研究，刘芸菲

    因涉及毕业论文需保密，暂无法上传

2024/06/07

本期主席: 罗宏鑫

特邀汇报:

  • MESS安装及使用方法 ，陈英杰 
    本次汇报介绍了MESS软件的两种安装和使用方法，分别是在公共目录下利用singularity容器进行打包安装和在个人目录下利用Conda管理包进行安装。

2024/06/15

本期主席: 卢奕名

特邀汇报:

  • 从CatMAP代码出发求解多相催化中的反应速率 ，李蒙蒙 
    基于Catmap源码，介绍了多相催化反应中反应速率求解所用原理和相应的公式推导。

2024/06/22

本期主席: 李蒙蒙

特邀汇报:

  • 通过设置proxy server来访问Docker Hub ，卢奕名

    自2024年6月6日起，国内的Docker Hub镜像陆续停止运营，可以为Docker守护进程配置代理，以便继续访问Docker Hub。具体步骤是:创建一个systemd drop-in目录，在该目录下添加一个名为 http-proxy.conf 的文件，在文件中配置 HTTP_PROXY 和 HTTPS_PROXY 环境变量，保存文件并重新加载 systemd 配置，最后重启 Docker 服务。这种方式可以简单高效地为 Docker 服务配置代理，从而确保在国内访问 Docker Hub 的稳定性和可靠性。
相关链接：https://docs.docker.com/config/daemon/proxy/#httphttps-proxy

  • 利用Arrfit拟合改进的Arrhenius公式 ，杨婷

    本次汇报旨在介绍如何利用 Arrfit 来拟合改进的 Arrhenius 公式，以精确估算化学反应动力学参数。首先介绍 Arrhenius 公式的标准形式和线性形式，并解释拟合的含义和目的；比较线性拟合和非线性拟合的方法后介绍常用的拟合工具及其步骤；最后，详细展示如何使用 Arrfit进行拟合。

2024/06/29

本期主席: 杨婷

特邀汇报:

  • ZFS简介及故障排查和池恢复 ，罗宏鑫

    本次汇报简要介绍了ZFS文件系统的组成与功能，并特别针对ZFS文件系统的RAIDZ以及存储池数据安全存储与恢复进行了介绍。
参考链接：https://docs.oracle.com/en/operating-systems/solaris/oracle-solaris/11.4/manage-zfs/oracle-solaris-zfs-features.html

  • 同步辐射光电离质谱数据定量处理 ，许凯

    在本次汇报中，我们深入探讨了利用同步辐射光电离质谱（SVUV-PIMS）技术进行数据定量处理的关键步骤和概念，重点介绍了质量歧视因子和光电离截面。质量歧视因子，它是质谱仪对不同质量离子的响应差异，通过校正这些差异可以提高定量分析的准确性。光电离截面，它是描述分子在特定能量光子作用下发生电离的概率的重要参数。通过精确测量和校正光电离截面，可以实现对不同化合物的定量分析。
其次，结合具体实例，展示了如何实现质量定标

2024/07/06

本期主席: 卢奕名

特邀汇报:

  • The method of fitting thermodynamic data in Chemkin format ，张枝瑶

    本次汇报包含对chemkin所需的热力学数据文件的介绍，以及对未知物质热力学数据拟合方法的介绍

  • Unveiling the Oxygen Addition Kinetics of 1-Hydroxy-2-Hexyl and 2-Hydroxy-1-Hexyl at Low Temperature ，陈英杰

    本次汇报简要介绍了羟己基的低温氧化研究工作，为第40届国际燃烧研讨会汇报做试讲。

2024/07/13

本期主席: 许凯

特邀汇报:

  • VASP6.3.2编译安装，李蒙蒙

    本汇报介绍了如何利用Singularity编译安装VASP6.3.2,着重介绍了不同并行支持下makefile文件的区别。希望该文档能够帮助他人复现VASP6.3.2的编译安装。

  • Unveiling the Oxygen Addition Kinetics of 1-Hydroxy-2-Hexyl and 2-Hydroxy-1-Hexyl at Low Temperature ，陈英杰

    本次汇报简要介绍了1-羟基-2-己基和2-羟基-1-己基的低温氧化动力学研究。

2024/07/20

本期主席: 李蒙蒙

特邀汇报:

  • mdapy :Molecular Dynamics Analysis with Python，罗宏鑫

    本汇报介绍了一个用于MD分析的python库mdapy,mdapy python 库提供了一系列强大、灵活且直观的工具来分析分子动力学 (MD) 模拟生成的原子轨迹。该库完全跨平台，可供 Windows、Linux 和 Mac OS 用户使用。得益于 TaiChi 项目，我们可以有效加速纯 python 代码，使其更接近用 C++ 编写的代码速度。此外，mdapy 高度并行化，允许用户利用多核 CPU 和 GPU 的资源。mdapy 可以直接处理 LAMMPS 中的 DUMP 和 DATA 格式、VASP 中的 POSCAR 格式、通用 XYZ 格式和 CIF 格式。此外，mdapy 中的所有数据都以 NumPy 中的 NDARRAY 格式存储，这使其能够轻松与 python 中的科学生态系统集成，并促进与其他后期处理工具（如 OVITO 和 freud）的协作。

  • 如何通过势垒判断反应是否容易发生？，许凯

    本次汇报从热力学角度出发，将自由能垒作为评判反应是否容易发生的依据。简单介绍了shermo与concvar两个程序。shermo用来计算特定温度和压力条件下的热力学数据；concvar用来求解各反应物、中间产物和产物随时间的变化的浓度。将它们联用来模拟各反应物、中间产物和产物在特定温度和压力条件下随时间的变化趋势。

2024/08/03

本期主席: 李蒙蒙

特邀汇报:

  • MinerU: Intelligent Text Data Conversion Tool from PDF to Markdown for AI era，卢奕名

    本汇报介绍了一款基于AI的PDF转MarkDown工具套件，MinerU。汇报重点介绍了magicPDF的安装和使用过程。工具能够协助个人简历基于MarkDown格式的各类数据库，且能保证超过98%的正确率。
参考资料: https://github.com/opendatalab/MinerU

  • 质谱实验数据处理，杨婷

    本次汇报介绍了同步辐射真空紫外光电离实验数据处理，包括实验过程简介、实验数据导入流程及具体的质谱实验数据处理过程三方面内容。详细介绍了卡峰操作、质量定标过程及物种确定过程及相关注意事项。

2024/08/10

本期主席: 杨婷

特邀汇报:

  • 基于GPU的机器学习环境的便捷容器化部署与网络问题解决方案, 卢奕名 
    本汇报介绍了基于Docker及Apptainer的机器学习环境的快速部署思路，以帮助容器使用宿主机的GPU资源。

  1. Convert Docker Image to Apptainer SIF:

    sudo apptainer build fabridamicelli_torchserve0.11.1-gpu-python3.10_torchserve.sif docker://fabridamicelli/torchserve:0.11.1-gpu-python3.10

  2. Build New Environment from Local Image:

    sudo apptainer build abc.sif abc.def

  3. Run and Test with GPU Binding:

    apptainer exec --nv abc.sif python xxx.py

    其中abc.def文件可参考Apptainer官方文档编写，针对本案例，文件头应为：

    Bootstrap: localimage
From: fabridamicelli_torchserve0.11.1-gpu-python3.10_torchserve.sif
  • 学海无涯：科研菜鸡的学习汇报，王奉鲁 
    本次汇报主要介绍了近期的学习进展，主要包括conda的安装和使用、jupyter的安装和使用、Windows和Linux双系统的安装、集群的访问使用、机器学习实战小项目等。

2024/08/24

本期主席: 李蒙蒙

特邀汇报:

  • C3物质对多环芳烃增长的影响系列研究 I：菲基与丙炔加成，张枝瑶

    本汇报介绍了菲基和丙炔加成的反应势能面，研究丙炔对多环芳烃增长的影响。

  • C6烯烃低温氧化同分异构体效应，陈英杰

    本次汇报分享了C6烯烃低温氧化动力学分析结果，展示了三个己烯体系加氧势能面和1atm下的生成主要产物的反应速率图。

2024/09/06

本期主席: 李蒙蒙

特邀汇报:

  • C6烯烃低温氧化动力学机理及同分异构体效应，陈英杰 
    本次就中期答辩进行试讲，分享介绍了课题研究背景、C6烯烃低温氧化的研究现状以及目前的进展工作——1-己烯体系低温氧化机理，2、3-己烯体系低温氧化反应网络以及动力学计算。

2024/09/21

本期主席: 王奉鲁

特邀汇报:

  • C6烯烃低温氧化动力学机理及同分异构体效应，陈英杰

    本次就中期答辩进行试讲，分享介绍了课题研究背景、C6烯烃低温氧化的研究现状以及目前的进展工作——1-己烯体系低温氧化机理，2、3-己烯体系低温氧化反应网络以及动力学计算。

  • symmetry factor 介绍，张枝瑶

    本次就symmetry factor对化学反应速率常数计算的影响进行了介绍，重点介绍如何判断以及选取合适的symmetry factor。关于对称数以及点群的介绍详见2024.01.20汇总帖中，如需了解更详细的知识点可查阅《结构化学（第五版）》，周公度，北京大学出版社。

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请轮值主席确认茶话会日程安排表已填写：
腾讯文档链接: https://docs.qq.com/sheet/DVkZZVm5wUkNLdElS

2024/12/07

科研汇报与分享:

  • 工作进展汇报及利用Shermo计算热力学数据分享，陈英杰
  • C7H7分解势能面讨论及WebPlotDigitizer使用分享，许凯

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请轮值主席确认茶话会日程安排表已填写：
腾讯文档链接: https://docs.qq.com/sheet/DVkZZVm5wUkNLdElS

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