# 写在前面 在进行动力学求解实操前，请仔细浏览官方网站的学习资料，避免不必要错误发生。源码十分重要，github上有全部源码，尽可能多读源码，有助于debug和自定义实现目标功能和模块。 官网：https://catmap.readthedocs.io/en/latest/installation.html github: https://github.com/SUNCAT-Center/catmap CatMAP主要需要两个输入文件，分别是**能量文件和机理文件** 能量文件 以下是CatMAP官网给的准备能量文件的相关代码 from […]
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VASP不同于Gaussian，可以结构优化与频率计算一起进行（opt+freq）,VASP中结构优化与频率计算是分开的。需先优化好结构后再进行频率计算。同样的，过渡态也是如此，需要将过渡态结构的CONTCAR复制作为新的POSCAR进行计算，以验证结构的稳定性和过渡态结构的准确性。 然而，在VASP计算中，常常发现优化好的结构会存在虚频，尤其是体系中除固体外，还有气体分子。对此，总结了一些相关的处理办法，具体还请依据个人体系进行调整。 一、虚频较大，应该消除 （1）调整结构 若虚频波数达到几百，建议还是重新调整结构进行计算。除依据体系的特殊性和反应路径外，也可利用脚本消除不想要的虚频以实现消虚频工作。参考网上www.bigbrosci.com 给的脚本，根据虚频的dx、dy、dz微调结构重新计算。在此提供参考，后续可根据自己的需要以完善脚本。 import numpy as np […]
一、全电子计算 全电子计算（All-Electron Calculation）是量子化学和凝聚态物理中的一种计算方法，主要用于精确模拟原子和分子的电子结构。在全电子计算中，所有的电子，包括核心电子和价电子，都被显式地考虑在内。全电子计算涉及计算材料中所有电子的行为，包括核心电子和价电子。这种方法不使用赝势，而是直接解决所有电子的薛定谔方程。 全电子方法能提供非常精确的结果，因为它考虑了所有电子间的相互作用和电子与原子核的相互作用。 主要特点 （1）精确性: 全电子计算可以提供非常高的精度，因为它不需要引入赝势的近似。 （2）计算需求: 由于包括了所有电子的交互作用，全电子计算通常需要更多的计算资源和时间。 （3）应用领域： […]
写在前面： 目前集群的利用VASP版本为6.3.2，支持并行计算，具体可利用sifs命令可查询。其中带有VTST版本的是由Henkelman Group 开发的使用 VASP 代码计算过渡态的脚本和模块，有利于过渡态的计算工作。 利用VASP计算过渡态的方法有NEB (nudged elastic band)、CI-NEB […]
本文档详细介绍如何使用 Singularity 容器编译和安装 VASP 6.3.2。内容涵盖从环境准备、依赖安装到 VASP 编译的每一个步骤。 前提条件： 需要一个支持 Singularity […]
一、CATMAP简介 CATMAP是一款求解催化微动力学的软件包，旨在标准化和自动化将“描述符空间”转换为多相催化反应速率的过程。它使用基于描述符的分析方法，通过关注少量关键描述符来减少理解催化反应的复杂性，从而简化与反应动力学相关的高维参数空间。这种方法不仅减少了计算工作量，还增强了对催化趋势的理解。 二、编译及安装 本安装是基于Singularity镜像完成，故整个安装包括准备编写Singularity文件、创建容器、运行容器等过程，使得在启动容器后直接使用 Jupyter Lab 进行数据分析和可视化工作。具体流程如下： 1、创建Singularity文件 # Use […]
一 基础信息 1 软件简介 VASP（Vienna Ab-initio Simulation Package）是一个用于从第一性原理进行材料模拟的计算物理软件。它是基于量子力学的密度泛函理论（Density Functional Theory, […]