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考虑到MESS软件依赖、conda环境变量的复杂性以及个人使用需求的差异性，现分享两种MESS软件的安装和使用方法以供选择。 1. 公共目录下的Singularity容器化安装及使用 考虑到用户需求的差异，我们提供了两个MESS版本（MESS1.1.0和MESS2.9.0）以便使用。下面将以MESS1.1.0版本为例，具体介绍容器化过程和使用方法。 1.1 创建Singularity容器文件 # 指定容器基础镜像为Docker镜像，从continuumio/miniconda3:24.3.0-0镜像开始构建 Bootstrap: docker […]
1. 介绍 Arrhenius经验式 Arrhenius 经验式表示反应速率常数与温度的关系，由Arrhenius提出。 表达式 k = A•exp(-E/(RT)) 此为arrhenius经验式基本表达式，是教科书中最常见的写法，式中k为温度T时的反应速率常数，A为指前因子，E为（表观）活化能，T为热力学温度（单位 […]
1 激活服务器内MESS环境变量 MESS安装在mnt/softs目录下，因此任意登陆节点都可以调用，在使用之前需要激活该软件的环境变量。具体操作如下：成功登录服务器任一开放的节点后，使用以下两个命令激活MESS程序的环境变量： 第一条命令旨在激活conda3，第二条命令是激活conda3里面的MESS，激活成功后会出现“mess-env”符号。每次输入完命令需要键入enter，为了方便大家使用，可以直接分别复制这两条命令到服务器内。 2 执行计算任务 MESS计算速率常数时间很快，一般不超过两分钟，有的反应只需要几十秒就可以完成计算，提交完作业后刷新两下目录就会出现out文件。 在激活环境变量后，先使用cd命令切换到自己的输入文件目录，然后使用mess命令或者abstraction命令完成计算。在计算中简单的提取反应可以之际使用abstraction xxx.inp命令执行计算，其他的完整的反应路径要使用mess xxx.inp执行计算。 […]