考虑到MESS软件依赖、conda环境变量的复杂性以及个人使用需求的差异性，现分享两种MESS软件的安装和使用方法以供选择。 1. 公共目录下的Singularity容器化安装及使用 考虑到用户需求的差异，我们提供了两个MESS版本（MESS1.1.0和MESS2.9.0）以便使用。下面将以MESS1.1.0版本为例，具体介绍容器化过程和使用方法。 1.1 创建Singularity容器文件 # 指定容器基础镜像为Docker镜像，从continuumio/miniconda3:24.3.0-0镜像开始构建 Bootstrap: docker […]
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使用Apptainer创建基于Jupyter的数据分析及可视化平台 本教程将带您一步步学习如何利用Apptainer (Singularity)容器和Miniconda3,构建一个便于跨环境部署和分享的数据分析与可视化包。我们将重点介绍容器的设置,以及在容器中运行Jupyter Lab实例的方法。通过本教程,您将快速掌握如何搭建数据分析和可视化环境。 1. 准备工作 在开始之前，请确保您已经了解了singularity的基本使用方法 2. 编写Singularity文件 首先，我们需要创建一个Singularity文件来定义我们的容器。在本例中，我们将使用一个基于Miniconda3的Singularity文件。这个文件将定义容器的环境以及如何运行其中的应用程序。请将以下内容保存为miniconda_mda.def文件。 […]
方法一：基于基础镜像直接创建sif文件 –在一台安装了jupyter lab的主机终端上输入以下命令以设置并获取哈希码 –需要注意的是，执行以下操作之后，该主机上的jupyter lab密码也随之更新，可以稍后再进行一次以下操作改回密码 $ jupyter lab password #确认密码后，终端会显示一个加密后的哈希码 […]
singularity 是广泛应用于前沿HPC服务商的容器化应用，打包成sif格式的容器可以在同架构安装了singularity的任意linux系统下运行。如，通过singularity容器可以在centos8下运行centos6时代的软件，极大的保证了计算的可靠性和可重复性。下例为集群g16的singularity def打包脚本，供有需求的大家参考： 本例打包的singularity sif文件位于/mnt/softs/singularity_sifs/g16_openmpi.sif, 使用以下命令即可调用：